Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.
Il y a de cela 12 ans, le démon renard à neuf queues entreprit la destruction du village de Konoha, mais le Quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né : Naruto Uzumaki. En faisant cela le Quatrième Hokage se sacrifia pour sauver Konoha.
L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto (vers ses 12 ans). Orphelin et éternel cancre et farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ont fini par assimiler Kyûbi à Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il y parvient à intégrer l'équipe du Jônin Kakashi avec Sakura et Sasuke.
Durant la première saison Naruto passe l'examen de chunins mais Orochimaru l'interrompt pour détruire Konoha mais il échoue car le troisième Hokage s'est sacrifié pour sauver Konoha. Peu après, le premier duo de l'Akatsuki, une organisation criminelle, fait son apparition : Itachi Uchiwa et Kisame. Ensuite, il y a l’épisode ou Sasuke part de Konoha pour rejoindre Orochimaru parce qu'il veut acquérir la force nécessaire pour vaincre son grand frère Itachi et ainsi venger la destruction de son clan et la mort de ses parents.
Ce qui suit dévoile des moments clefs de l’intrigue.
La seconde saison (en cours, appelée Naruto Shippūden) se recentre autour de Naruto, 2 ans et demi plus tard. L'Akatsuki, se réveille et commmence à rechercher tous les Jinchūriki (porteur de démon aussi appelé réceptacle) pour leur retirer leur bijū (démon) et, à l'aide d'un jutsu, les sceller dans une énorme statue. Il existe neuf différents bijū, classés du plus puissant au moins puissant en fonction du nombre de queues qu'ils possèdent. Ainsi Naruto possède le démon le plus puissant en lui car Kyūbi possède neuf queues. Le premier duo de l'Akatsuki fait son apparition: Deidara, manipulateur d'argile explosive, et Sasori, maître-marionnettiste. Ils capturent Gaara et lui extraient son bijū, le laissant quasi-mort. Sasori se fait tuer par Sakura (devenue élève de Tsunade) et Chiyo, sa propre grand mère. Gaara est finalement sauvé au prix de la vie de Chiyo. Le débonnaire Tobi remplace Sasori au sein de l'Akatsuki. On apprend que Kabuto fut un temps espion de l'Akatsuki auprès d'Orochimaru, manipulé par Sasori. Naruto attaque alors Orochimaru et se transforme partiellement en démon-renard. Il a alors quatre queues et perd tout controle de lui-même. Quant à Sai, nouveau membre affecté dans l'équipe dirigée par Kakashi, sa mission était en fait de tuer Sasuke mais le jeune ninja finit par renoncer à ses desseins. Un Sasuke plus adulte et très puissant grâce à l'enseignement d'Orochimaru apparait. Suite à l'affrontement contre son ami, Naruto subit un entrainement sévère. Un nouveau duo d'Akatsuki fait sont apparition : Kakuzu et Hidan. Ces deux combattants seront finalement vaincus par Naruto et Shikamaru, ce dernier ayant à déplorer la perte de son sensei. De son coté, Sasuke tue Orochimaru ( dont l'ame seras enfermé dans le corp de kabuto ) et constitue une équipe appelée Hebi (serpent). Poursuivi par les membres de l'Akatsuki, Sasuke se bat contre Deidera. Deidara se fait exploser mais Sasuke utilise un jutsu afin de se transporter dans Mamba,le serpent géant d'Orochimaru, et survit ainsi à l'affrontement. Un nouveau duo apparaît : Pein le chef d'Akatsuki et une étrange femme. Mais encore plus intéressant on apprend que c'est Tobi qui dirige réellement l'Akatsuki, et qu'il posséde le pouvoir de madara uchiwa.